Tive um problema aqui no trabalho por que usaram essa ferramenta Acunetix (Y)
procura brechas no site e gera relatorio das brechas encontradas só tem um porem, ele deleta o banco de dados e altera faz uma bagunça terrível caso ele encontre o brecha.
É bom fazer um backup dos seus arquivos para depois usar o acunetix.
Não é gratuito, mas tem versão para teste.
http://www.acunetix.com/
Quem quizer tirar as brechas do site é uma boa opção usar o acunetix !
print do relatório\/
http://imageshack.us/photo/my-images/18/capture2oy.png/